学科建设是“211工程”建设的核心，大连海事大学注重分层次地加大学科建设的力度，在建设航海科学与技术学科群时，将其分解为交通信息工程与控制、交通运输规划与管理、通信与信息系统、国际法学。在建设轮机科学与运用工程学科群时，重点建设轮机工程、载运工具运用工程、电力电子与电力传动等专业方向。结合“211工程”建设，完成“小型多功能航行安全仿真系统”、“大型船舶操纵模拟器”、“航海自动化研究网络系统”、“海图作业模拟器”、“电子海图机”Ⅰ型产品等教学科研项目。
学科建设的成就体现于研究生教育的发展。目前，学校已获得5个学科专业博士学位授权点和15个学科专业硕士学位授权点。学校通过有组织、有计划的开展“助研、助教、助管”的三助活动，培养时代需求的具有创新意识、创新能力的高级人才。自1982年以来，共培养硕士研究生1293名，博士研究生94名。
学科建设的关键是师资队伍的建设。为此，学校制定了《跨世纪优秀教师培养方案》，几年来已滚动培养出百名优秀青年97名，校学术带头人25名，国际知名学者5名，院士后备人选2名。经交通部评选，有12名教师列入部直属普通高校各类学术带头人培养人选，其中院士候选人1名，省、部重点学科学术带头人3名，跨世纪学术带头人2名，优秀青年骨干教师6名。列入国家“百千万人才工程”第一、二层次培养人选1人，列入交通部“十百千人才工程”第一层次培养的人选3人。
学科建设促进了科技工作上水平。截至去年，学校共取得科技成果129项，达到国际水平的32项，填补国内空白的44项，获国家科技工作三大奖16项，获省、部级科技进步奖50项，获大连市奖励55项，获专利权40余项。1996年，学校的科技成果“船机曲轴无刻蚀镀铁工艺研究”，获交通部科技进步一等奖；去年，“船舶碰撞法（著作类）”、“无源网络的计算机优化制作”等科技成果获交通部科技进步二等奖。在“船机曲轴无刻蚀镀铁工艺研究”科研成果的基础上，学校投资建立了辽宁省镀铁工程技术中心，树立了应用科研成果创办高新技术产业的一面旗帜。
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